微生物污染的控制，从生物洁净技术的角度而言，有四个原则：

1 对进入净化车间的空气充分地进行除菌或灭菌；（如用高效滤器、电子自净气、臭氧发生器等）。

2 使室内微生物颗粒迅速而有效地吸收并排出室外；（换气次数及最佳的进风口与回风口的设计）

3 不让室内的微生物粒子集聚和衍生（气流组织形式及合格的净化装修）

4 防止进入室内的人员或物品散发细菌，如不能防止，则应尽量限制其扩散。

在上述原则中：（1）（4）两项与除菌及灭菌的措施，操作及管理有关。而（2）（3）两项与室内气流组织换气次数有关。良好的气流组织可以使这两项内容得意圆满完成。

净化车间微生物的污染控制，是严格的管理和限制人员的除菌率密切关联的。良好的除尘、防菌措施，例如：防尘服、防静电设施等均是生物洁净技术中十分重要的内容。